Принцип действия набора реагентов «Alsense» для выявления Xylella fastidiosa методом ПЦР-РВ заключается в проведении полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (ПЦР-РВ) с гибридизационнофлуоресцентной детекцией на матрице ДНК. В основе метода ПЦР лежит многократное удвоение определённого участка ДНК при помощи днкполимеразы в искусственных условиях (in vitro). В результате нарабатываются копии ДНК в достаточном для достоверного определения результата количестве. В ходе реакции копируется только заданный участок ДНК, удовлетворяющий условиям специфичности, заложенным в структуре праймеров и флуоресцентного зонда, и только в том случае, если он присутствует в исследуемом образце.
Гибридизационный зонд содержит одновременно в своей структуре флуоресцентный краситель и гаситель флуоресценции. В случае положительной реакции гибридизационный зонд отжигается на копиях заданного участка ДНК и в следующем цикле ПЦР разрушается полимеразой, что сопровождается выделением красителя, в результате чего флуоресценция возрастает. Данная флуоресценция измеряется детектирующим амплификатором в режиме реального времени параллельно на нескольких каналах.
Праймеры и зонд были сконструированы под консервативный участок гена 16s рибосомной РНК, уникального для X. fastidiosa. Внутренний контроль (ВКО) получен на основе последовательностей генов 18s рибосомной РНК винограда. Зонд Taqman® к участку генома Xylella fastidiosa несет на 5’-конце метку-краситель FAM. ВКО-специфичный зонд мечен флуорофором HEX, что позволяет пользователю валидировать этап экстракции ДНК из растений.