Во время проведения ПЦР при наличии генетического материала возбудителя оспы обезьян фрагмент ДНК многократно амплифицируется. Детекция продуктов амплификации осуществляется во время анализа. Для этого в состав реакционной смеси, наряду с праймерами и другими компонентами реакции, добавлены специальные флуоресцентные метки (зонды). ДНК-зонд несет флуоресцентную метку и гаситель флуоресценции. При образовании специфичного продукта ДНК-зонд разрушается, действие гасителя на флуоресцентную метку прекращается, что ведёт к возрастанию уровня флуоресценции, который детектируется амплификатором. В состав реакционной смеси входят олигонуклеотиды и зонды для одновременной амплификации и детекции участков ДНК генома вируса и гена РНКазы P геномной ДНК человека (эндогенный внутренний контроль).
Использование эндогенного ВКО позволяет:
- оценить правильность взятия биоматериала, его транспортировки и хранения;
- контролировать эффективность выделения нуклеиновых кислот и этапов ПЦР-исследования, отсутствие ингибирования реакции.
Результаты амплификации регистрируются по следующим каналам флуоресцентной детекции (таблица 1):
Таблица 1 - Каналы детекции продуктов амплификации
| FAM | HEX |
| Вирус оспы обезьян | РНКаза Р человека |
